"под Linux" слишком широкое понятие: "какое окружение?", "какой оконный менеджер?" - от ответов на эти вопросы будет зависеть, в каких условиях должен работать linux-аналог сабжа 
Меж тем есть же утилита xdotool, которая работает с любыми оконными менеджерами, запущенными в X. Не все возможности xdotool поддерживаются всеми окружениями, но базовые функции работают везде. Скажем, задачу активации некоего окна по паттерну можно решить так:
$ xdotool search --classname "Navigator" windowfocus
Здесь windowfocus, это действие, совершаемое над окном, а "Navigator" - classname некоего окна: в среде XWindows каждое окно имеет class (как правило, общий для всех окон конкретного приложения) и classname (как правило, уникальный для конкретного вида окон конкретного приложения), узнать которые можно с помощью утилиты xprop:
$ xprop | grep CLASS <- при выполнении команды нужно будет кликнуть желаемое окно
WM_CLASS(STRING) = "Navigator", "Firefox" <-- это classname и class кликнутого окна
(было выбрано основное окно браузера Firefox, которое имеет classname "Navigator", диалоговые же окна Firefox имеют другой classname)
Кстати, man pages для xdotool подробно описывают и другие критерии поиска/действия - широчайший простор для автоматизации!
После того, как конкретная команда оформится, останется только назначить выполнение нужной команды в используемом окружении принятым для оного способом.
